1970年医院建院后即成立药房，1980年正式更名为药剂科。科室现有工作人员37人，均为药学人员，其中高级职称5人，中级职称18人，研究生以上学历3人，本科学历30人。
近年来在国家统计源期刊发表论文20余篇，承担省市卫生健康委员会等科研课题9项，承担部分高校药学专业毕业生实习带教工作;开展药师下临床以及部分药品基因序列检测及血药浓度监测研究工作。
药剂科是集药品管理、药学服务为一体的综合性科室。药剂科设有门诊中药房、门诊西药房、中心药房、急诊药房、传染病药房、药库、临床药学室等部门。药剂科是以标准化管理药品供应、以优良药学专业服务为目的调剂药品、以合理用药为核心结合教学、研究和专职临床药师为一体的医院药学综合学科。药剂科坚持以《医疗机构药事管理规定》、《药品不良反应报告与监测管理办法》、《抗菌药物临床应用指导原则》、《处方管理办法》、《麻醉药品和精神药品管理条例》等作为工作标准和指南，建立健全各项规章制度和各级人员岗位职责。以《医院药师规范化培训大纲》为依据培养科内人才队伍。几年来已经初步形成了一整套科学管理体系。重视科室文化建设，努力营造和谐的工作氛围，2012年荣获雨花台区药品不良反应监测工作先进单位，2013年被评为南京市医疗机构示范药房，2019年金陵药业医院药学技术联盟协作单位。
科室拥有全自动药品分包机、多通道荧光定量分析仪、高效液相色谱仪、紫外分光光度计、电子分析天平等先进仪器设备。在医院的支持下，近几年相继引进或更新了一批药品管理软件。每月进行住院医嘱、门诊处方点评，针对不合理用药、抗菌药物使用和ADR监测等进行药事管理预警干预;开展治疗药物基因序列检测、药物血药浓度监测，并结合个体提出合理用药方案的建议。